Le premier orgue du Sacré-Coeur d'Ouchy fut un Walcker, probablement des années 1880. Il fut remplacé, en 1943, par un orgue du facteur genevois Tschanun, à traction électropneumatique. Cet instrument fut complété d'un Positif par la Manufacture Kuhn en 1960.

Dans les années 2000, l'orgue étant usé, on décida de construire un instrument neuf en utilisant la double tribune de l'édifice. Et c'est ainsi, qu'en 2004, on inaugurait le magnifique orgue Füglister actuel (manufacture d'orgues H.-J. Füglister, Grimisuat, en Valais). Cet orgue Füglister d'Ouchy présente une "originalité": "le Pédalier comprend une mécanique d'unisson muet et d'octave aiguë, avec le sommier de 42 notes correspondant. On obtient ainsi les possibilités d'un 16'/8' doux, d'une grande Flûte 16'/8'/4', d'une Bombarde 16'/Trompette 8'. Un tel système, courant dans les instruments pneumatiques, nécessite ici, dans une traction mécanique pure, grande précision et fiabilité".